Han pasdo 4 años, 7 meses y 10 días después de los eventos de Halo 3 y el Jefe Maestro y Cortana siguen vagando en el espacio en los remanentes de la Fragata UNSC Forward Unto Dawn. El 20 de Julio de 2557, Cortana logra detectar un horrible estruendo en la nave, lo que la obliga a despertar al Jefe Maestro sin antes decirle la razón por la cual lo despertó y qué es lo que ella hizo mientras él dormía. John abre su Cámara Criogénica, toma a Cortana y empieza a investigar qué es lo que pasa. Cortana logra detectar 2 cosas: dos Cruceros al lado de la Forward Unto Dawn y que se estrellarán en un planeta Forerunner. Cortana le dice al Jefe que active los misiles manualmente de la nave para destruir los Cruceros. John logra activar los misiles y destruir los Cruceros, pero la nave junto con él es atraída al interior del planeta por un pozo gravitatorio.

John junto a Cortana y los restos de la Dawn, caen en Requiem. John quiere regresar a casa para encontrar una solución al estado de rampancia de Cortana, abriéndose paso a través de las fuerzas del Covenant para localizar un cartógrafo. Cortana dice que la única información que pudo conseguir es que su ubicación es un Mundo Escudo llamado Requiem. También recibe una señal de una fuente desconocida, que definitivamente "no es Covenant", y sugiere la búsqueda de la señal. Ellos encuentran que la señal está siendo enviada desde una torre cerca del núcleo del planeta. Cortana abre un portal tan cerca como le es posible del núcleo, en eso un gran número de nuevos enemigos aparecen.

Halo es una franquicia de videojuegos de ciencia ficción formada por 10 videojuegos actualmente, con otro en desarrollo (Halo Xbox One o Halo 5: Guardians) creada por Bungie hasta Halo: Reach, gestionada ahora por 343 Industries y es propiedad de Microsoft Studios. La serie se centra en una guerra interestelar entre la humanidad y una alianza teocrática de alienígenas conocidos como el Covenant o Pacto. El Covenant son guiados por sus líderes religiosos, los profetas, y adoran a una antigua civilización conocida como los Forerunners, quienes perecieron en combate con el parásito Flood. Muchos de los juegos se centran en las experiencias de el jefe maestro John-117, un súper soldado humano biológicamente mejorado, y su compañera inteligencia artificial (IA), Cortana. El término "Halo" se refiere las megaestructuras Halo: grandes estructuras habitables en forma de anillos. Hasta ahora Halo ha vendido más de 55 millones de copias desde su primer lanzamiento hasta el nuevo    jLa trama de Halo tiene lugar en el siglo XXVI, período donde el jugador asume el rol del Jefe Maestro, un soldado genéticamente mejorado que es acompañado por Cortana, una inteligencia artificial. A lo largo de la historia, el usuario se enfrenta a varios extraterrestres —tanto en enfrentamientos directos de cuerpo a cuerpo como a bordo de vehicúlos— en su intento por descubrir los secretos de Halo, un mundo artificial con forma de anillo.

La historia de Halo 2 se sitúa unos meses después de la destrucción del primer Halo (En Halo: Combat Evolved).

En el comienzo del juego, el Jefe Maestro es premiado por su acciones en Halo, mientras que en Gran Caridad, la ciudad delCovenant, el Comandante Sangheili Thel 'Vadamee es castigado por permitir que el Jefe Maestro destruyera la Instalación 04.

Esto, en una audiencia precedida por los Profetas de la Verdad,del Pesar y de la Piedad, es donde acusan al Sangheili de hereje y lo 

Gameplay como el Jefe Maestro

castigan quemandole con la marca de la vergüenza en su pecho.

Cuando se hace la premiación en la Estación Cairo, se dan cuenta que una flota Covenant se acerca a la Tierra, por lo queLord Hood le dice a la Comandante Miranda Keyes (hija de Jacob Keyes, quien murió en la Instalación 04 a manos del Flood) que aborde su nave y detenga la invasión; también le dice a John-117 que proteja la Estación Cairo del Covenant.

El Covenant aborda la estación y plantan una bomba, pero el Jefe logra detenerla e incluso se la devuelve al Covenant. Una sola nave logra llegar a la Tierra, en esa nave esta el Profeta del Pesar, que va directo al sur de África, hacia Nueva Mombasa